নাটোর রাজ্যের প্রতিষ্ঠাতা রামজীবন ১৭০৬ খিষ্টাব্দে তার বিশ্বস্ত দেয়াল দয়ারাম রায় কে বসবাসের জন্য দিঘাপতিয়া মৌজার জমি দান করেন। সেখানে প্রায় তিনশত বছর পূর্বে ১৭৩৪ খ্রিস্টাব্দে রাজবংশের প্রতিষ্ঠাতা দয়ারাম রায় দিঘাপতিয়া রাজবাড়ির নির্মাণ করেন ১৮৬০ খ্রিস্টাব্দের দিকে দয়ারামের দত্তক প্রপৌত্র রাজা প্রসন্ননাথ রায় এই রাজবাড়ির সুরম্য অট্টালিকা, বাগান ও মন্দির প্রভৃতি নতুন করে নির্মাণ করেন।এই রাজবংশের ষষ্ঠ রাজা প্রমদানাথ রায়ের পৃষ্ঠপোষকতায় ১৮৯৭ সালের ১০ ই জুন নাটোরের ডোমপাড়া মাঠে বিশ্বকবি রবীন্দ্রনাথ ঠাকুর সহ অনেক বড় ব্যক্তিবর্গ উপস্থিতিতে তিনদিনব্যাপী বঙ্গীয় প্রাদেশিক কংগ্রেসের এক সভা চলছিল। অধিবেশনের শেষ দিন ১২ ই জুন থেমে থেমে ১৮ মিনিট ব্যাপী প্রলয়ঙ্করী ভূমিকম্প হয় এবং এতে রাজপ্রাসাদটি ধ্বংসস্তূপে পরিণত হয় তৎকালীন রাজা প্রমদানাথ রায় ১৮৯৭ থেকে ১৯০৮সাল পর্যন্ত প্রায় ১১ বছর সময় ধরে বিদেশি বিশেষজ্ঞ প্রকৌশলী চিত্রশিল্পী এবং মিস্ত্রিদের সহায়তায় আজকের এই রাজ প্রাসাদ নির্মাণ করেন।হাজার ১৯৪৭ সালে দেশ বিভাগের পর দিঘাপতিয়া রাজা পরিবারসহ দেশত্যাগ করে ভারতে ভারতের (কলকাতায়) চলে যান।১৯৫০ সালে জমিদারি অধিগ্রহণ ও প্রজাস্বত্ব আইন পাস হওয়ার পর প্রাসাদটি রক্ষণাবেক্ষণে বেশ সমস্যা দেখা দেয়। ১৯৬৬ সালে এ রাজভবন ইস্ট পাকিস্তান হাউসে পরিণত হয় পরে ১৯৬৭ সালের ২৪ শে জুলাই এটিকে গভর্নর হাউজ হিসেবে ঘোষণা করা হয়।বাংলাদেশ স্বাধীন হলে জাতির পিতা বঙ্গবন্ধু শেখ মুজিবুর রহমান ১৯৭২ সালের ৯ই ফেব্রুয়ারি এই রাজবাড়ীতে এসে রাত্রিযাপন করেন এবং এটিকে রাষ্ট্রপ্রধানের উত্তরের বাসভবন বা উত্তরা গণভবন হিসেবে ঘোষণা করেন।বর্তমানে প্রাসাদটি মাননীয় প্রধানমন্ত্রীর কার্যালয় ও মন্ত্রিপরিষদ বিভাগের তত্ত্বাবধানে এবং জেলা প্রশাসক নাটোর নেতৃত্বাধীন উত্তরা গণভবন সার্বিক ব্যবস্থাপনা কমিটির মাধ্যমে নিয়ন্ত্রিত হচ্ছে।